1. Cripta de la Resurrección

En la pared del fondo los distintos elementos del esqueleto humano forman el marco en el que va encuadrado el lienzo que representa a Jesús cuando ordena a Lázaro salir vivo del sepulcro: la fe cristiana en la resurrección es la clave interpretativa de esta obra de arte característica de un cementerio.

2. Capilla para la Misa

Es la única sala en la que no se ven huesos ya que en ella se dice la misa para que los difuntos se libren de los sufrimientos del purgatorio y lleguen al Paraíso como se ve en el retablo en el que María con el Niño parece invitar a san Félix de Cantalicio y a san Francisco de Asís (a la izquierda), san Antonio de Padua y un ángel (a la derecha), a librar las almas del fuego. En el muro de la izquierda se conserva, por voluntad propia, el corazón de María Felipe Peretti (+1656), tataranieta de Sixto V, que era muy devota de los capuchinos.

3. Cripta de las calaveras

En el tímpano de la hornacina central destaca una clepsidra alada formada con huesos omoplatos. En las paredes laterales se encuentran dos capuchinos tendidos en actitud de descanso dentro de hornacinas de forma curvilínea. En el centro de la bóveda hay tres elementos decorativos preciosos, entre los que destaca la esfera adornada con flores. De la bóveda del pasillo cuelga una lámpara de una estrella de ocho puntas. La bóveda del pasillo enriquece la clave interpretativa con un elemento nuevo: el cráneo con los omoplatos que le sirven de alas.

4. Cripta de los huesos de la "pelvis"

En las paredes laterales dos capuchinos descansan dulcemente bajo un arcosolio. La pared del fondo semeja a tres hornacinas con capuchinos con la cabeza inclinada hacia adelante: los dos de los laterales están bajo un arco en ruinas; el del centro bajo un gran baldaquino de huesos de la pelvis de los que cuelga un friso de vértebras. El rosetón central de la bóveda está formado por siete omoplatos adornados con vértebras. La decoración termina en los laterales con cruces que llevan los instrumentos de la pasión de Cristo: la lanza y la esponja en la punta de una lanza.

5. Cripta de las tibias y de los fémur

Las paredes laterales tienen cuatro hornacinas en cada parte con capuchinos de pie y vestidos con el hábito. En la pared del fondo, el bloque central es una composición rica y caprichosa: sobre la pared, en la parte superior, hay una cruz dentro de un círculo; debajo, el escudo franciscano (el brazo desnudo de Cristo y el brazo vestido de san Francisco de Asís), con una corona encima. En el suelo hay 18 cruces indicando otras tantas sepulturas. La cornisa oval central de la bóveda tiene un círculo adornado con mandíbulas y dos grandes flores laterales realizadas a base de huesos omoplatos y adornos de vértebras que cuelgan. La bóveda del pasillo tiene tres estrellas de ocho puntas; de la del centro cuelga una pesada lámpara.

6. Cripta de los seis esqueletos

Los dos pequeños esqueletos de la pared del fondo sostienen con una mano un cráneo alado. En el centro de la bóveda hay un esqueleto muy fino, metido en una almendra, símbolo de la nueva vida. Con la mano derecha sostiene una guadaña símbolo de la muerte que siega a todos como la hierba del campo; y con la mano izquierda sostiene una balanza, símbolo de las obras buenas y malas valoradas por Dios al juzgar el alma. La bóveda del pasillo es muy rica y variada: cuatro pequeñas estrellas de cinco `puntas rodean la gran estrella de ocho puntas de la que cuelga la lámpara. En el muro opuesto a la puerta destaca un reloj con una esfera única para indicar que la vida continúa en la eternidad.

Texto de Rinaldo Cordovani,
Traducciòn de Alfonso Ramirez Peralbo,