1. Crypte de la Résurrection

Sur la paroi du fond les diverses composantes du squelette humain forment la corniche de la toile qui représente Jésus ressuscitant son ami Lazare, déjà mort depuis quatre jours et enterré: la foi chrétienne en la résurrection, c'est le message qu'a voulu transmettre celui qui a structuré cette œuvre d'art ornementale avec ce matériel vraiment pauvre.

2. Chapelle de la Messe
(Ici on peut s'arrêter prier)

C'est le seul endroit où il n'y a pas d'os visibles, car il est utilisé pour célébrer la Sainte Messe à l'intention des défunts afin qu'ils soient libérés des souffrances du Purgatoire et rejoignent le Paradis, comme le montre le retable de l'autel où la Vierge Marie avec l'Enfant semble inviter saint Félix de Cantalice et saint François d'Assise (à gauche), saint Antoine de Padoue et un ange (à droite), à libérer les âmes des flammes du Purgatoire. Sur la paroi de gauche est conservé, selon ses volontés, le cœur de Maria Felice Peretti (+ 1656), arrière petite-nièce de Sixte Quint, et très dévote des capucins.

3. Crypte des crânes

Dans le tympan de la niche centrale ressort un sablier ailé avec des omoplates: non seulement le temps passe, mais il vole! Dans la paroi du fond trois capucins debout, qui semblent en chemin. Les parois latérales contiennent deux capucins couchés se reposant dans les niches curvilignes. Au centre de la voûte trois éléments décoratifs éclatants, où prévaut la sphère ornée de fleurs. De la voûte du couloir un lustre descend d'une étoile à huit pointes. La voûte de passage enrichi la clé de lecture d'un nouvel élément: le crâne avec les omoplates qui lui servent d'ailes.

4. Crypte des bassins

Dans les parois latérales deux capucins reposent étendus sous un arcosole. La paroi du fond ébauche trois niches avec des capucins penchés en avant: deux qui se trouvent sur les côtés sous un arc renversé; celui qui est au centre sous un grand baldaquin de bassins, desquels pend une décoration de vertèbres. La rosace centrale dans la voûte est formée de sept omoplates avec des pendentifs de vertèbres.
L'ornement termine sur les côtés avec des croix pendues qui portent la lance et l'éponge au bout d'une lance: ce sont les instruments de la Passion du Christ: c'est une dévotion chère aux franciscains, qui sentent Jésus comme un frère, car, comme nous, il a voulu subir la mort.

5. Crypte des tibias et des fémurs

Les parois latérales, présentent quatre niches de chaque côté avec des capucins debout et revêtus de leur bure. Dans la paroi du fond, le bloc central est une composition riche et inspirée: sur la paroi du haut une croix confinée dans un cercle; au-dessous, les armoiries franciscaines (le bras nu du Christ et celui revêtu de saint François), surmonté d'une couronne. Sur le sol sont disséminées 18 croix qui indiquent autant de sépultures. La corniche ovale centrale de la voûte, renferme un cercle de mandibules orné de vertèbres et deux grandes fleurs latérales formées d'omoplates avec des pendentifs de vertèbres.

6. Crypte des trois squelettes

Sur la paroi du fond entre deux sabliers ailés, deux petits squelettes (de la famille Barberini) soutiennent avec une main un crâne. Au centre de la voûte s'impose un squelette mince (la princesse Barberini) compris dans un amandier, symbole de la vie naissante, de la main droite il tient une faux, symbole de la mort qui moissonne tous comme l'herbe des champs; et de la gauche il soutient une balance, symbole des oeuvres bonnes ou mauvaises évaluées par Dieu au moment de juger l'âme. La voûte du couloir est très riche et variée: quatre petites étoiles à cinq pointes entourent la grande étoile à huit pointes de laquelle descend un lampadaire. Dans la voute en calotte, au-dessus de la porte, observe les motifs floraux qui reviennent. Ils sont composés d'une côte et d'une vertèbre. Dans la partie opposée on distingue une horloge, n'ayant qu'une seule aiguille, qui veut indiquer que la vie continue pour l'éternité; notre sœur la mort nous ouvre cette réalité.