1. Auferstehungsgruft

An der Hauptwand bilden die verschiedenen Teile des menschlichen Skelettes den Rahmen, in den das Bild eingespannt ist. Es stellt Jesus dar, der seinen bereits vor vier Tagen verstorbenen und begrabenen Freund Lazarus auferweckt. Der Schöpfer dieses ornamentalen Kunstwerkes, der mit diesem wirklich armseligen Material arbeitete, wollte die Botschaft des christlichen Glaubens an die Auferstehung vermitteln.

3. Schädelgruft

Im Giebelfeld der mittleren Nische steht eine mit Schulterblättern geflügelte Sanduhr: Die Zeit verrinnt nicht nur, sie fliegt davon! An der Hauptwand stehen drei Kapuziner, die zu gehen scheinen. An den Seitenwänden befinden sich zwei in Ruhestellung liegende Kapuziner innerhalb der gebogenen Nischen. In der Mitte des Gewölbes sind drei auffällige dekorative Elemente sichtbar, bei denen der blumengeschmückte Kreis hervorsticht. Im Ganggewölbe hängt ein Leuchter aus einem achtzackigen Stern herunter. Das Gewölbe im Durchgang fügt dem Sinnganzen ein neues Element hinzu: den Schädel mit den Schulterblättern, die ihm Flügel verleihen.

4. Beckengruft

An den Seitenwänden ruhen zwei Kapuziner in liegender Stellung in einem Arkosolium (bogenüberwölbte Nische). Die Hauptwand zeigt in drei Nischen nach vorn gebeugte Kapuziner: die beiden auf der Seite unter einem umgekehrten Bogen; jener in der Mitte unter einem grossen Baldachin aus Beckenknochen, von einer Tresse aus Wirbelknochen umrahmt. Die zentrale Rosette im Gewölbe besteht aus sieben Schulterblättern mit Anhängern aus Wirbelknochen. Die Verzierungen enden auf beiden Seiten mit angehängten Kreuzen, die am Ende des Schaftes die Lanze und den Schwamm tragen: die Werkzeuge der Passion Jesu. Es handelt sich hier um eine von den Franziskanern geschätzte Andachtsform. Sie sehen Jesus als Bruder, der wie wir den Tod erlitten hat.

5. Schienbein- und Oberschenkelgruft

Die Seitenwände weisen vier Nischen auf, die zum Teil mit stehenden und mit dem Habit bekleideten Kapuzinern ausgefüllt sind. In der Hauptwand besteht der mittlere Block aus einer reichhaltigen und recht schrulligen Komposition: Oben an der Wand befindet sich ein Kreuz, das von einem Kreis umschlossen ist; darunter sieht man das von einer Krone überhöhte franziskanische Wappen (der nackte Arm Christi und der bekleidete Arm des hl. Franz von Assisi). Der Boden ist mit 18 Kreuzen übersät, die ebenfalls auf Gräber hinweisen. Der ovale Rahmen in der Mitte des Gewölbes enthält ein Rund aus Kieferknochen, umgeben von Verzierungen aus Wirbeln und seitlich von zwei grossen Blumen aus Schulterblättern und Anhängern aus Wirbelknochen. Das Ganggewölbe weist drei achtzackige Sterne auf, Zeichen dafür, dass die Kirche darüber der Mutter Gottes geweiht ist, die man auch "den Morgenstern" nennt: Tatsächlich handelt es sich um die erste der Unbefleckten geweihte Kirche.

6. Gruft der drei Skelette

Zwischen zwei geflügelten Sanduhren halten an der Hauptwand zwei kleine Skelette (aus der Familie der Barberini) mit einer Hand einen Schädel. Im Mittelgewölbe fällt ein kleines Skelett auf (das "Prinzesschen Barberini"). Es wird von einer Mandorla umfasst, Symbol des werdenden Lebens. In der Rechten hält es eine Sichel, Symbol des Todes, der alle wie das Gras auf der Wiese dahin mäht; in der Linken eine Waage, Symbol der guten und bösen Werke, die von Gott beim Gericht der Seele bewertet werden. Das Ganggewölbe ist sehr reich und vielfältig: vier kleine fünfzackige Sterne umgeben einen grossen achtzackigen Stern, von dem ein Leuchter herabhängt. Über der Türe (ursprünglicher Eingang von der Kirche her) sieht man wiederkehrende Blumenmotive, die aus einer Rippe und einem Wirbel zusammengesetzt sind. Auf der gegenüberliegenden Seite sticht eine Uhr mit nur einem Zeiger ins Auge und weist darauf hin, dass das Leben in der Ewigkeit weitergeht; Schwester Tod schliesst uns diese Wirklichkeit auf.