Qui furono sepolti i frati cappuccini fino al 1870. Il sepolcreto nella Cappella per la Messa era riservato alla sepoltura dei poveri. Data la ristrettezza del luogo e l'elevato numero dei frati ospiti nell'attiguo convento internazionale, era necessario riesumare le salme periodicamente: le ossa venivano conservate nell'ossario, che poi per necessità dovette essere adibito anche a sepoltura. Si calcola che vi siano i resti di circa 3.700 persone.

Verso la metà del 1700, con interventi successivi, questo luogo di sepoltura, di preghiera e di riflessione per i cappuccini che vi scendevano ogni sera prima di andare a riposare - è stato trasformato in un'opera d'arte. Nel 1775 il Marchese de Sade lo visitò e ne lasciò una suggestiva descrizione, come fecero, poi, altri scrittori stranieri.

	1. CRIPTA DELLA RESURREZIONE Nella parete di fondo le varie componenti dello scheletro umano formano la cornice entro cui è incastonata la tela che rappresenta Gesù che risuscita l'amico Lazzaro, già morto da quattro giorni e sepolto: la fede cristiana nella resurrezione è il messaggio che ha voluto trasmettere chi ha strutturato quest'opera d'arte ornamentale con questo materiale veramente povero.
2. CAPPELLA PER LA MESSA E' l'unico ambiente dove non si vedono ossa, in quanto serve per celebravi la Messa per i defunti. Nella pala d'altare Maria con il Bambino sembra invitare san Felice da Cantalice e san Francesco d'Assisi (a sinistra), sant'Antonio di Padova ed un angelo (a destra), a liberare le anime dalle fiamme del Purgatorio. Nella parete sinistra è conservato, per sua volontà, il cuore della pronipote di Sisto V°, Maria Felice Peretti(+1656), che considerava ''madre'' dei cappuccini.
	3. CRIPTA DEI TESCHI Nel timpano della nicchia centrale campeggia una clessidra alata con scapole: il tempo non solo passa, ma vola. Nella parete di fondo tre cappuccini in piedi, quasi in cammino. Le pareti laterali contengono due cappuccini sdraiati in atteggiamento di riposo dentro nicchie curvilinee. Nel mezzo della volta tre elementi decorativi vistosi, in cui prevale la sfera ornata di fiori. Dalla volta del corridoio un lampadario scende da una stella ad otto punte. La volta di passaggio arricchisce la chiave di lettura di un elemento nuovo: il cranio con le scapole che gli fanno da ali.
4. CRIPTA DEI BACINI Nelle pareti laterali due cappuccini riposano adagiati sotto un arcosolio. La parete di fondo accenna a tre nicchie con dei cappuccini chini in avanti: i due ai lati sotto un arco rovesciato; quello al centro sotto un grande baldacchino di bacini, dai quali pende un fregio di vertebre. Il rosone centrale nella volta è formato da sette scapole con pendagli di vertebre. L'ornato termina ai lati con croci appese che portano la lancia e la spugna in cima ad un'asta: sono gli strumenti della Passione di Cristo: questa è una devozione cara ai francescani, che sentono Gesù come fratello, anche perché ha voluto subire la morte come noi.
	5.CRIPTA DELLE TIBIE E DEI FEMORI Le pareti laterali presentano quattro nicchie per parte con dei cappuccini in piedi e vestiti con il saio. Nella parete di fondo, il blocco centrale è una composizione ricca ed estrosa: sulla parete in alto una croce racchiusa in un tondo; sotto, lo stemma francescano (il braccio nudo di Cristo e quello vestito di san Francesco d'Assisi), sormontato da una corona. Sul pavimento sono disseminate 18 croci ad indicare altrettante sepolture. La cornice ovale centrale della volta, racchiude un tondo di mandibole ornato di vertebre e due grandi fiori laterali formati da scapole con pendagli di vertebre. La volta del corridoio ha tre stelle ad otto punte, segno che sopra c'è una chiesa dedicata alla Madonna, stella del mattino: infatti c'è la prima chiesa dedicata all'Immacolata.
6. CRIPTA DEI TRE SCHELETRI I due piccoli scheletri (della famiglia Barberini) sulla parete di fondo sorreggono con una mano un cranio alato. Al centro della volta si impone uno scheletro sottile (la "principessa Barberini") compreso in una mandorla, simbolo della vita nascente. Con la destra sorregge una falce, simbolo della morte che miete tutti come l'erba del prato; e con la sinistra sostiene una bilancia, simbolo delle opere buone e cattive valutate da Dio nel giudicare l'anima. La volta del corridoio è molto ricca e varia: quattro piccole stelle a cinque punte contornano la grande stella ad otto punte dalla quale scende il lampadario. Nella vela sopra la porta è ornata con i motivi floreali ricorrenti composti con una costola e una vertebra. Nella parte opposta spicca un orologio, ad una sola sfera, per indicare che la vita continua nell'eternità; sorella morte ci apre questa realtà.

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"Laudato sii, mi' Signore, per sorella nostra morte corporale, dalla quale nessun
uomo vivente può scappare. Guai a quelli che morranno nei peccati mortali.
Beati quelli che morranno nella tua santissima
volontà, perché da te, Altissimo, saranno incoronati." (San Francesco d'Assisi)

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9-12;15-18
Giovedì chiuso